Le Comité de Pilotage est l’organe privilégié d’échanges et de concertation qui conduit l’élaboration puis l’animation du DOCOB. Il est présidé par un élu, approuvé par le préfet et réunit l’ensemble des acteurs d’un site Natura 2000 :

• représentants des collectivités territoriales,
• services de l’État,
• socioprofessionnels,
• experts scientifiques, associations, usagers…

L’opérateur est chargé, pour le compte du COPIL, de l’élaboration du DOCOB. L’opérateur peut-être une collectivité territoriale, une association locale, un conservatoire d’espaces sensibles, l’Office National des Forêts…. Chaque opérateur identifié désigne en son sein un "chargé de mission". Celui-ci assure l’animation générale du dossier et fait des propositions au COPIL. Dans le cadre de sa mission d’élaboration du DOCOB, il entreprend la rédaction, les actions d’animation, le recours à des expertises scientifiques, la conduite d’études préalables et d’inventaires qui complètent le cas échéant les études déjà disponibles.
De plus, toujours dans un souci de concertation, le chargé de mission réalise le DOCOB avec l’appui des groupes de travail locaux. Ces derniers travaillent notamment sur la définition des enjeux et des objectifs de gestion du site ainsi que les stratégies de gestion et le programme d’actions.

Une fois validé, une structure animatrice est désignée par les élus du comité de pilotage qui prend communément le nom de "comité de suivi" afin de mettre en œuvre les actions prévues dans le DOCOB.
L’animateur est, au sens large, la structure animatrice qui porte l’animation et, au sens strict, la personne qui conduit cette animation pour la structure. Cette structure peut-être celle chargée de l’élaboration (donc l’opérateur du site) ou une nouvelle. Son rôle est à la fois technique, relationnel et administratif. Elle doit avant tout aider à la mise en application des actions (sous et hors Contrat Natura 2000) dans leur contexte territorial en assistant les maîtres d’ouvrage pressenties pour réaliser les études ou les travaux programmés. De plus, elle assure la coordination générale, l’information et la communication autour du projet.